Die Nationalsozialisten arbeiten vom ersten Tage an auf einen Krieg hin. Es soll "Lebensraum" für das deutsche Volk geschaffen werden.
Der Bau von Autobahnen, Aufrüstung, Militarisierung des Alltagslebens und vieles andere dienen diesem Ziel. Auch werden frühzeitig Lazarette eingerichtet.
Lazarett
Bereits 1934 stellt Pastor Buhrfeind - nach einer Anfrage der Ortpolizei -rund 500 Lazarett-Plätze in Aussicht.
Gleich zu Kriegsbeginn 1939 müssen diese Zusagen eingelöst werden. Ein Teil des Krankenhauses und der Saal des Schwesternhauses werden zum Reservelazarett umfunktioniert. Die "ausgelagerten" Krankenhausstationen bringt man auf der Feierabendstation, im Kindergarten und Hort in der Lindenstraße sowie in der Berufsschule in der Wallbergstraße unter.
Ein Teil der Rotenburger Diakonissen arbeiten in den Lazaretträumen im Mutterhaus und in den Rotenburger Anstalten.
Andere Diakonissen tun in auswärtigen Lazaretten Dienst .
Beschlagnahmung von Räumen
Im Laufe der Jahre versucht die NS-Leitung, die Kirche zunehmend aus dem öffentlichen Leben zu verdrängen. Diakonische Einrichtungen, vor allem solche für Kinder und Jugendliche, sollen der NS-Wohlfahrt angegliedert werden.
Auch in Rotenburg kommt es immer wieder zu Zugriffen der Partei auf mutterhauseigene Einrichtungen. Noch im April 1945 will die NSV den Kindergarten für ihre Zwecke beschlagnahmen, was die Mutterhausleitung nur verhindern konnte, in dem sie dort schnellstens eine Infektionsstation einrichtet.
Zwangsarbeiter und Kriegsgefangene
Da die Männer eingezogen wurden, fehlen auch in Rotenburg wichtige Arbeitskräfte. Ihre Stellen werden von Menschen übernommen, die aus den besetzten Ländern nach Deutschland verschleppt worden sind.
Bald gehören Zwangsarbeiter und Kriegsgefangene zu dem alltäglichen Bild in Rotenburg. Sie dürfen nicht im Krankenhaus behandelt werden, sondern erhalten medizinische Versorgung im "Neuen Männerhaus" (heute "Wernerhaus"), das zum Kriegsgefangenenlazarett umgebaut wurde.
Kriegsende
In den letzten Kriegstagen kommt es auch in Rotenburg zu Kampfhandlungen, das Diakonissen-Mutterhaus und das Krankenhaus bleiben aber weitgehend von Kriegszerstörungen verschont.
In den überfüllten Räumen des Mutterhauses finden Kranke, Verwundete und Flüchtlinge Unterschlupf, unter ihnen auch viele Diakonissen aus ostdeutschen Mutterhäusern. Sie erhalten Obdach, werden oftmals auch neu eingekleidet, da manche Schwester nur das besitzt, was sie auf dem Leibe trägt.
Insgesamt 76 Schwestern aus 14 östlichen Mutterhäusern finden bis Ende 1945 Aufnahme im Rotenburger Mutterhaus.
