Die Krankenhausapotheke versorgt die Stationen und Funktionsbereiche mit Arzneimitteln, Infusionslösungen sowie Desinfektions- und Röntgenkontrastmitteln. Neben dem Diakoniekrankenhaus werden auch noch neun weitere Einrichtungen beliefert.
Zum Aufgabenbereich der Krankenhausapotheke gehört auch die Herstellung von Rezepturen, das sind Individualanfertigungen wie  Kapseln für Kinder und Säuglinge, Lösungen, Salben und Cremes sowie Zäpfchen.
Ein weiterer Schwerpunkt ist die Zubereitung applikationsfertiger Zytostatikalösungen, die individuell für den Patienten vom Arzt verordnet, zeitnah und nach hohen Qualitätskriterien in einem speziellen Apothekenlabor  hergestellt werden.
Die Apotheke informiert Ärzte und Pflegepersonal über Neuigkeiten und aktuelle Standards für eine optimale Pharmakotherapie. Zeitnah werden Anfragen zur Arzneimitteltherapie, zu Wirkungen, Nebenwirkungen und Wechselwirkungen sowie zur Verabreichung von Arzneimitteln beantwortet. Dafür stehen der Apotheke umfangreiche Literatursammlungen, Datenbanken und das Internet zur Verfügung. Warnhinweise von Gesundheitsbehörden oder der Pharmazeutischen Industrie werden unverzüglich an die Ärzteschaft weitergeleitet. Die im Krankenhaus üblicherweise gebräuchlichen Arzneimittel sind in einer Arzneimittelliste zusammengefasst. Diese wird im Rahmen der Arzneimittelkommissionssitzung in Zusammenarbeit mit Ärzten der einzelnen Kliniken und Abteilungen laufend überarbeitet und aktualisiert.