Das Thoraxzentrum Rotenburg besteht aus dem Zentrum für Pneumologie sowie aus der im Jahr 2005 neu gegründeten Abteilung für Thoraxchirurgie der Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Thoraxchirurgie. Als weitere wichtige Kooperationspartner sind die Klinik für Anästhesiologie, die Klinik für Radiologie, die Klinik für Strahlentherapie, die Klinik für Allgemeine Innere Medizin, Kardiologie, Intensivmedizin, Hämatologie, Onkologie und Geriatrie sowie die Klinik für Gastroenterologie, Hepatologie, Endokrinologie und Ernährungsmedizin zu nennen.